Nájem prostoru sloužícího podnikání může zaniknout následujícími způsoby: předmět nájmu zanikne nebo se stane nepoužitelným; dohodou mezi pronajímatelem a nájemcem; písemnou výpovědí nebo uplynutím doby, na kterou byl nájem sjednán. I u nájmu prostoru sloužícího podnikání je odlišné oprávnění nájemce a pronajímatele vypovědět nájem, přičemž je opět nutné rozlišit, zda jde o nájem na dobu určitou či neurčitou. Na rozdíl od nájmu bytu a domu je zde nájemce paradoxně více chráněn, pokud uzavře smlouvu na dobu určitou. Nájemce je oprávněn vypovědět smlouvu uzavřenou na dobu určitou z důvodů stanovených ve smlouvě nebo z důvodů stanovených v novém občanském zákoníku (ztratí-li nájemce způsobilost k činnosti, k jejímuž výkonu je prostor sloužící podnikání určen; přestane-li být najatý prostor z objektivních důvodů způsobilý k výkonu činnosti a pronajímatel nezajistí náhradu; porušuje-li pronajímatel hrubě své povinnosti vůči nájemci). Pronajímatel je oprávněn vypovědět smlouvu na dobu určitou opět z důvodů stanovených ve smlouvě nebo z důvodu stanovených v novém občanském zákoníku (má-li být prostor odstraněn či přestaven tak, že to brání dalšímu užívání, a pronajímatel to při uzavření smlouvy nemusel ani nemohl předvídat; porušuje-li nájemce i přes výzvu hrubě své povinnosti vůči pronajímateli nebo je-li po dobu delší než jeden měsíc v prodlení s placením nájemného nebo služeb souvisejících). Ve výpovědi musí být vždy uveden výpovědní důvod, jinak je výpověď neplatná. Výpovědní doba je tříměsíční. Pokud jde o nájem na dobu neurčitou, mají obě strany právo vypovědět nájemní smlouvu bez udání důvodu, a to v šestiměsíční výpovědní době. Proti výpovědi je možno uplatnit námitky. Pokud ani po jejich uplatnění není výpověď vzata zpět, je možné žádat soud o přezkoumání oprávněnosti výpovědi. Zvláštní ustanovení o nájmu prostoru sloužícího podnikání v NOZ neupravuje otázku týkající se toho v jakém stavu je nájemce povinen vrátit předmět nájmu v případě skončení nájmu, proto se aplikuje obecné ustanovení § 2220 NOZ, které stanoví, že pokud ke změně na nemovité věci dal pronajímatel souhlas, je povinen se s nájemcem při skončení nájmu vyrovnat podle míry zhodnocení. Pokud není smlouva písemná, není ani vyžadován písemný souhlas pronajímatele s takovou změnou. Pro případné dokazování se však písemná forma souhlasu pronajímatele se změnami na předmětu nájmu doporučuje. Novinkou v NOZ je ustanovení § 2315 pojednávající o náhradě za převzetí zákaznické základny. Dle tohoto ustanovení je nájemce, kterému je dána výpověď (pokud nejde o výpověď z důvodu hrubého porušení jeho povinností), oprávněn požadovat po pronajímateli nebo novém nájemci náhradu za výhodu pronajímatele nebo nového nájemce, kterou získali převzetím zákaznické základny vybudované vypovězeným nájemcem.